ד"ר מיכל חפר השלימה את לימודי התואר הראשון בחינוך מוזיקלי באקדמיה למוזיקה ולמחול בירושלים, והמשיכה ללימודי התואר השני באוניברסיטת טמפל בפילדלפיה. את לימודי התואר השלישי השלימה באוניברסיטת תל אביב, בתחום הקוגניציה המוזיקלית, במסגרת החוג למוזיקולוגיה. עבודת הדוקטורט שלה עסקה בבחינת תגובות פסיכו-פיזיולוגיות ופסיכו-מוטוריות של יילודים למוזיקה, בהנחייתם של פרופ' ורוניקה כהן, פרופ' יהודית כהן וד"ר זלמן וינטראוב. במהלך לימודיה בארצות הברית הוסמכה כמדריכה ומנחה מטעם מכון גורדון למוזיקה Gordon Isntitue of Music Learning - GIML, והייתה מהראשונות להביא לישראל את גישת גורדון לחינוך מוזיקלי.
ד"ר חפר חברה בסגל ההוראה של אוניברסיטת בר-אילן ושל האקדמיה למוזיקה ולמחול בירושלים מאז שנת 2007. בשנים 2018–2024 כיהנה כראשת המחלקה לחינוך מוזיקלי באקדמיה. היא פיתחה את תוכנית הלימודים "קטן-טון", המהווה מודל פדגוגי חדשני לפיתוח מיומנויות מוזיקליות בגיל הרך. התוכנית מבוססת על חשיפה למוזיקה מורכבת ומגוונת, ומדגישה אינטראקציה קולית ותנועתית בין המבוגר לילד כחלק מתהליך ההתפתחות המוזיקלית.
מחקריה פורסמו בכתבי עת אקדמיים בינלאומיים מובילים, ועבודתה המחקרית והחינוכית הוצגה בכנסים בארץ ובעולם. במסגרת פעילותה הבינלאומית הנחתה כיתות אמן קורסים וסדנאות בארצות הברית, איטליה, ברזיל, יוון, ספרד, הונגריה, קוריאה ובסין. בשנים האחרונות היא מוזמנת בקביעות כמרצה אורחת בקונסרבטוריון למוזיקה ע"ש Donna Olimpia ברומא. נוסף על כך, היא מכהנת כחברה בוועדה הבינלאומית לחינוך מוזיקלי לגיל הרך (ECME – Early Childhood Music Education Commission), הפועלת במסגרת הארגון הבינלאומי לחינוך מוזיקלי (ISME).
